Bacterias Open Source
Publicado: 28 Jul 2005 12:52
http://biblioweb.cc/s/view.php?CATEGORY2=5&ID=121
Código abierto y bacterias
por Guiu Soler, Lluís · -- · -- · --
ABSTRACT
Podemos entender la red de redes bacteriana de alcance planetario, desde una nueva perspectiva, a saber, como redes de desarrollo de código abierto en clave genética. Esta nueva visión es posible analizando como en las comunidades de bacterias se transmite y desarrolla código genético, y estableciendo comparaciones en la manera como en las comunidades de software libre se transmite y desarrolla código fuente.
En la primera parte de este artículo detallamos muy sintéticamente las características primordiales de las redes bacterianas que permiten identificarlas como redes open-source. A continuación exploramos las posibilidades de modelación informática de estas redes, así como la inspiración que suponen para la ciencia de la vida artificial. Y finalmente, a la nueva luz del open-source, apuntamos nuestro interés real en las bacterias. Se situa ahora mismo en su aplicación al desarrollo de tejido activista en internet, y a un nivel más general, contribuir a la creación de un pensamiento bacteriano, iniciado a nuestro entender por Lynn Margulis.
Introducción
El origen de este artículo radica en una charla realizada en el Hackmeeting 2001, encuentros de software libre, hacking y hacktivismo que en ese año tuvieron lugar en Euskadi. Las siguientes líneas son un resumen del núcleo argumental de las ideas que presentamos, orientadas a ofrecer una nueva visión del open-source a la comunidad de software libre, una nueva perspectiva donde es posible pensar en diferentes tipologías de redes open-source, más allá de las redes de desarrollo de código fuente informático.
Redes de código abierto
Deberíamos dejar de pensar en las bacterias únicamente como seres patógenos causantes de enfermedad. Os invitamos a observarlas desde un nuevo punto de vista, como microorganismos poderosamente adaptados para formar redes de proceso masivamente paralelo -realmente masivo- y descentralizado. Entidades de red móviles, de código genético reducido, especializadas pero al mismo tiempo adaptables a cambios imprevistos, autoreproducibles a una velocidad frenética1 y tolerantes a fallos.
Margulis y otros2 nos hablan de las comunidades bacterianas como una red global de intercambio genético a escala planetaria que ha persistido durante miles de millones de años. Si traducimos las tesis de Margulis a términos informáticos y de redes, podemos caracterizar las comunidades bacterianas como redes de código abierto en clave genética, más allá de la pura analogía. De manera muy sintética, nos basamos en las siguientes premisas básicas:
1. El intercambio genético es descentralizado y horizontal.
2. La información genética pasa de una bacteria a otra con absoluta promiscuidad y a una velocidad de transferencia inaudita si la comparamos con organismos más complejos. Las bacterias están continuamente liberando, compartiendo su código genético.
3. Son capaces de hacer algo realmente sorprendente: se reprograman, se recompilan a sí mismas en base a los genes recibidos. No necesitan esperar a la siguiente generación para expresar sus genes. Ellas inventaron la ingeniería genética.
4. Hay, al igual que en la programación de GNU/Linux, cooperación sin mando3. Esta red de redes tiene una profunda tolerancia a fallos y la fuerza de una amplísima base de proceso distribuido y paralelo, sin controles de mando centralizados.
5. Las bacterias se intercambian información bajo algo casi tan bueno como una licencia GPL. Según Margulis, "todas las cepas bacterianas puede compartir sus genes, podríamos decir, en el más estricto sentido, que en el mundo bacteriano no se dan las especies verdaderas. Cualquier bacteria es un organismo, una entidad capaz de llevar la ingeniería genética a escala global o planetaria''2
Si aceptamos estas características primordiales de las redes bacterianas como propiedades suficientemente definitorias de una red de código abierto, estaríamos ante la primera red de código abierto de nuestro planeta.
En cuanto a los desarrollos destacables que han realizado estas redes bajo open-source, están las células de nuestro cuerpo, que tienen su origen en las bacterias2. Las biotecnologías que hacen posible que ahora mismo estemos respirando oxígeno, así como hacen posible la fotosíntesis, la fermentación, la fijación del nitrógeno y otros procesos fundamentales en la arquitectura general de los organismos vivos, son de origen bacteriano.
Bacterias y Vida Artificial
Aún estamos lejos de poder modelar informáticamente las redes bacterianas en toda su complejidad, pero las últimas aproximaciones en programación evolutiva4 y autómatas celulares nos abren las puertas a crear modelos informáticos que permitan esta transferencia de tecnología del mundo microcósmico de las bacterias. A nivel de GA(algoritmos genéticos), diversos operadores genéticos se han inspirado en los mecanismos de transferencia de información genética de las bacterias, por ejemplo en la conjugación o la transposición5. Los GA en paralelo han implementado el proceso real distribuido y en paralelo a nivel de GA6 así como el viaje de información entre distintas poblaciones de "organismos''7.
Los CA (autómatas celulares), cada vez más observados como máquinas virtuales de proceso masivamente paralelo, descentralizado y discreto, capaces de computación universal8 representan una vía interesante de comprensión del mundo celular y bacteriano9.
En segundo lugar, tenemos la reciente aproximación a los CA como paradigmas del mundo celular por parte de S.Capcarrere9. S.Capcarrere se pregunta sobre la computación en el mundo celular y en como conseguir autoreproducción no trivial a la que ya se refirió John Von Neumann. La respuesta podría estar en CA no uniformes, redundantes y de proceso asíncrono, teniendo en cuenta que los CA clásicos se basan en la idea de que todas las células de la rejilla se actualizan al mismo tiempo y siguiendo la misma regla, es decir son de proceso síncrono.
La simbiosis entre estos dos paradigmas, los autómatas celulares por un lado y la programación evolutiva por otro, ofrecen notables perspectivas de modelación del mundo bacteriano, porqué un paradigma tiene lo que quizás le falta al otro. Un ejemplo muy simple de combinación de estos paradigmas, es la utilización de algoritmos genéticos para la búsqueda de reglas de CA de clasificación de densidad. Es decir una regla, entre el espacio de reglas posibles, que permita de la manera más óptima posible saber si hay más células blancas o negras en la configuración inicial de un CA. Para una búsqueda en un espacio tan grande(p.ej. 2 elevado a la 128 reglas posibles) que mejor que la programación evolutiva.
Aun siendo optimistas, no olvidamos que cuando decimos modelación del mundo bacteriano somos conscientes del desconocimiento sobre como computan exactamente las redes bacterianas, y que hablamos aún de primeras fases de aproximación. En este sentido, debemos resaltar el trabajo de Ben-Jacob y Shapiro sobre estas redes. Ben-jacob plantea que tipo de computación deben realizar estas redes, que denomina redes genómicas creativas, que no solo reconstruyen continuamente su software sino también su hardware10. Por otra parte, no olvidemos tampoco que respecto a la simbiosis -la principal fuente de evolución según Margulis- estamos en las primeras fases de comprensión y aproximaciones de modelación.
Lo que si podemos decir con toda seguridad es que las redes bacterianas suponen una innovadora fuente de inspiración para la ciencia de la vida artificial, que puede dar lugar tanto a nuevos algoritmos, como sobre todo a nuevas perspectivas.
Civilización bacteriana
Nuestro interés en las redes bacterianas está ahora mismo en su aplicación al desarrollo de tejido activista en la red, y a un nivel más general, contribuir a la creación de un "pensamiento bacteriano", iniciado a nuestro entender por Margulis11. Las redes bacterianas son para nosotros una fuente de inspiración de pensamiento activista, como lo ha sido también el mundo de los virus, inspiración que nos ha brindado ya con excelentes frutos a nivel empírico12. Nos gustaría en las siguientes líneas plantar nuestra primera semilla, imaginándonos como podemos describir a estas comunidades de microorganismos y su evolución a lo largo de la historia de la vida en nuestro planeta, en términos de una civilización, la civilización bacteriana. Siendo cautelosos, debemos entender el siguiente análisis como una abstracción del mundo bacteriano, como un ejercicio de imaginación metafórico, intentando colocar nuestro punto de observación en el punto de vista de las bacterias y no de los humanos. A manera de ejercicio de deconstrucción de nuestra visión clásica de las bacterias y en la línea conceptual iniciada en "Resistencia al sistema: pensando como un virus"13.
*
Trabajo en equipo, operan en redes de acción radicalmente descentralizadas y de proceso masivamente en paralelo. Se contrapone al espíritu individualista del pensamiento vírico.
*
La importancia de lo colectivo. Los comportamientos que emergen a nivel colectivo son claves para entender el mundo bacteriano. No podemos entender a las bacterias analizándolas a nivel puramente individual, sino que debemos fijar especialmente nuestra atención en sus comportamientos grupales. En los comportamientos que emergen bottom-up, de la interacción y comunicación de proceso masivamente paralelo y distribuido, siguiendo reglas simples pero muy especiales, y que pueden ser explicados a través del concepto de fenómeno emergente14, que permite superar las posibles confusiones entre nivel individual y colectivo.
*
Profunda promiscuidad en el intercambio de información, es una cultura abierta donde las innovaciones fluyen rápidamente. Evoluciona fuertemente a través de la creatividad en el campo de las tecnologías a escala microcósmica, de la innovación que fluye rápidamente a través de su red de redes y se hace extensiva a un gran número de nodos.
*
Tejido de red altamente resistente y estable. Las bacterias forman redes altamente resistentes a perturbaciones externas. Un ejemplo claro de esta robustez interconectada son los biofilms15.
*
Basada en los principios de simbiosis y especialización, que como defiende Margulis, plantean un nuevo punto de vista de la evolución, más allá del principio clásico del darwinismo de la competencia excluyente y la supervivencia del más apto16.
*
Cultura constructiva, transformadora, fuertemente basada en el reciclaje. Si hay un verbo que caracteriza la acción bacteriana, este es "fermentar". Se contrapone a la dinámica parasitaria y de "no-construcción" más propia del pensamiento virico.
*
Autonomía individual. “Mediante un proceso que lejos de someter la autonomía individual de las bacterias a un bien colectivo permite un aumento ilimitado de la autonomía metabólica individual a través de la red.”17
Una vía interesante de investigación es sin duda los paralelismos entre esta civilización bacteriana de código abierto y un tercer tipo de redes open-source, las redes activistas en Internet como la red de medios independientes Indymedia.
Bibliografía
1 La replicación bacteriana es exponencial, siguiendo la fórmula 2 elevado a N, donde N=número de generaciones. Considerando que una nueva generación puede nacer cada veinte minutos, en pocas horas tenemos millones de bacterias.
2 Margulis, L. y D. Sagan. Microcosmos, Allen & Unwin, Londres, 1987. Para conocer la teoría seminal de Margulis sobre la evolución biológica, Margulis, L. et al., "Environmental Evolution: Effects of the Origin and Evolution of Life on Planet Earth“, MIT Press,1992.
3 Raymond E., "The Cathedral and the Bazaar'', Revisión 1.39, 1998. http://www.tuxedo.org/~esr/writings/cathedral-bazaar y Vidal, M., "Cooperación sin mando: una introducción al software libre'', 2000. http://www.sindominio.net/biblioweb/tel ... /softlibre
4 Entendiendo por "programación evolutiva'', algoritmos genéticos, programación genética e híbridos.
5 Borges A. y E. Costa, "Enhancing Transposition Perfomance'', 1999. http://eden.dei.uc.pt/~ernesto/EvoCo/pa ... ec99_1.pdf
6 Evonet, "Models for the Parallelization of Genetic Algorithms''
http://evonet.dcs.napier.ac.uk/evoweb/r ... index.html
7 Nos referimos a "organismos'' entendidos en el contexto de algoritmos genéticos.
8 Aclaración de términos: "Computación universal'': Equivalentes a una máquina de Turing universal. "Discreto'': Los CA constan de unidades de espacio y tiempo definidas, discretas.
9 Capcarrere, S., "Cellular Automata and Other Cellular systems: Design & Evolution", 2002. http://lslwww.epfl.ch/~msc/THESIS/thesis.html
10 Ben Jacob, E., Bacterial Wisdom, Gödel's Theorem and Creative Genomic Webs, Physica A, 248:57-76, 1998. http://star.tau.ac.il/~inon/wisdom1/preprint.html
11 Buena parte de las obras de Margulis tienen un carácter marcadamente divulgativo(ver nota 2) , y van más allá del campo de la microbiología, para hundir sus raíces en el terreno del pensamiento, perfilando toda una visión del mundo a través de la óptica de las bacterias.
12 El activismo vírico se caracteriza por criptografiarse a si mismo para no ser detectado por el sistema, por lo que no es demasiado recomendable que expliquemos las acciones de guerrilla de comunicación que hemos llevado a buen puerto, ya que las exponemos a la identificación por parte del sistema. Por suerte hay un par de acciones de protesta en contra de la LSSI(Ley de Servicios de la Sociedad de la Información) -una de ellas con ingredientes de activismo bacteriano- que si podemos detallar:
Ficha técnica de la acción ¿Dónde está la autoridad competente?
* URL: http://www.manje.net/juegolssi/s
* Tipología de acción: activismo vírico, juego en flash vía web
* Objetivo básico: contribuir a crear un clima de opinión en contra de la LSSI, llegando a los grandes medios.
* Programación: Actionscript y html. Remodelación y mejora de flash existente bajo licencia GPL.
* Equipo de desarrollo: Lluís Guiu, Arbeka y kl2.
* Tiempo: dos semanas.
* Tamaño del juego: primera carga de 52 kb. y segunda de 112 kb.
* Técnicas de camuflaje: utilización de juego como caballo de troya memético, lenguaje humorístico, anonimización de ip's, mutación de personalidad con la creación de "Pere Rocallaura", distribución del juego mediante mirrors(esto permitió también la distribución de carga).
* Estrategia de propagación memética: escalada bottom-up siguiendo esquema de los tres firewalls.
* Medios infectados: medios independientes y anti-LSSI, edición digital de grandes medios, Europapress, edición en papel de Ciberpaís.
* Velocidad de propagación: muy rápida, propia del activismo vírico.
Ficha técnica de la acción Colaboremos con la LSSI
* URL: http://www.manje.net/juegolssi2
* Tipología de acción: activismo mixto vírico/bacteriano, juego participativo vía web
* Objetivo básico: visualizar los peligros de la LSSI a través de la participación directa de los internautas
* Programación: html y javascript, y uso de cgis externos de hosting gratuito.
* Equipo de desarrollo: Lluís Guiu, Arbeka, kl2 y Mercè Molist.
* Tiempo: un mes
* Técnicas de camuflaje: lenguaje humorístico, uso de personalidad "Pere Rocallaura", distribución de la web mediante mirrors
* Estrategia de propagación memética: escalada bottom-up
* Medios infectados: respecto al primer juego, mayor penetración en medios independientes y escasa incidencia en grandes medios. Por otra parte, destacable la mención de "Colaboremos con la LSSI" en la sesión del senado español de 20-6-2002 donde se debatió la ley, en la que un senador invitó a la ministra del MCYT a participar en el juego.
* Medición de participación: un total de 230 contribuciones en primera fase.
13 Utilización del pensamiento vírico en clave activista, visión del mundo a través de la óptica vírica: Guiu L., "Resistencia al Sistema: pensando como un virus", 2000 y "Introducción al activismo vírico", 2003.
14 Para la identificación de un fenómeno emergente(f.e.) podemos utilizar los criterios de Collier y Mullier. Ver Collier, J. C. y Muller, S.J., The dynamical basis of emergence in natural hierarchies, 1998. Versión traducida al español en http://www.sindominio.net/~xabier/texto ... rgence.txt. En base a estos criterios, disponemos de modelos de vida artificial que permiten entender de forma diáfana(y interactiva) como se desarrolla un f.e., ya que lo reconstruyen y permiten variar las condiciones en que se desarrolla. Es el caso del paradigmático modelo de formación de bandadas virtuales de avoides de Craig Reynolds, que ha inspirado decenas de implementaciones: http://www.red3d.com/cwr/boids. Otro ejemplo de f.e. del que disponemos de modelos informáticos son los atascos de tráfico, que ilustran cómo de diferentes puede ser los comportamientos entre el nivel grupal -el atasco de tráfico- y el nivel individual, cada uno de los agentes que forman ese grupo -los vehículos-. Si uno observa este peculiar automáta celular on-line que simula el tráfico de vehículos(http://rcswww.urz.tu-dresden.de/ helbing/RoadApplet) podrá percibirse de que mientras los vehículos se mueven hacia delante, los atascos de tráfico que se producen, el fenomeno emergente resultante de observar esos mismos vehículos grupalmente como un bloque, ¡se mueven hacia atrás!.
15 Los biofilms son redes bacterianas muy resistentes que se forman por ejemplo en las cubiertas de los barcos o en las tuberías, a partir de una señal de comunicación llamado "el sentir del quorum". http://www.erc.montana.edu/Res-Lib99-SW/default.htm
16 La idea de "virus" es a nuestro entender, una de las bases del pensamiento neodarwinista de Richard Dawkins, que tanta influencia intelectual ha ejercido en el mundo científico y informático desde la publicación de El gen egoísta. El pensamiento "virus" se ha utilizado para justificar las tesis de la supervivencia del más apto y la competición excluyente como motores de la evolución biológica. De la misma forma, el estudio de las bacterias muestra con especial claridad la teoría de Margulis de la simbiosis (S.E.T.), la cooperación, la especialización, como motores de la evolución. Consideramos que el pensamiento bacteriano no invalida la otra cara de la moneda, esto es, el pensamiento vírico, sino que podemos contemplar a estos dos pensamientos aparentemente antágonicos, como dos mundologías, dos realidades virtuales a las cuales podemos acceder para obtener una visión diferente del mundo. O quizás mejor, no son mundologías. Si nuestro cerebro es una red creadora de mundo en tiempo real, podemos ver a estas realidades virtuales como software mental modificador/amplificador de nuestra recreación continua del mundo, tu mundo/mi mundo/nuestro mundo. Y por supuesto, nuestra realidad virtual preferida puede ser la bacteriana y esta premisa no nos impedirá en ciertos aspectos concretos contraponer pensamiento bacteriano a pensamiento vírico. Lo importante es reconocer la no exclusión mutua entre estos dos pensamientos.
17 Barandarian, X. y Guiu, L., “Metabolismo, comunicación y evolución en redes bacterianas y tecnológicas”, 2004.
Copyright (C) Lluís Guiu. COPYLEFT: todos los derechos al revés. Se permite la copia, distribución, uso y realización de la obra, siempre y cuando se reconozca la autoría y no se use la obra con fines comerciales --a no ser que se obtenga permiso expreso del autor. El autor permite distribuir obras derivadas de esta sólo si mantienen la misma licencia que esta obra. Esta nota no es la licencia completa de la obra sino una traducción de la nota orientativa de la licencia original completa (jurídicamente válida), que puede encontrarse en: http://creativecommons.org/licenses/by- ... /legalcode
Código abierto y bacterias
por Guiu Soler, Lluís · -- · -- · --
ABSTRACT
Podemos entender la red de redes bacteriana de alcance planetario, desde una nueva perspectiva, a saber, como redes de desarrollo de código abierto en clave genética. Esta nueva visión es posible analizando como en las comunidades de bacterias se transmite y desarrolla código genético, y estableciendo comparaciones en la manera como en las comunidades de software libre se transmite y desarrolla código fuente.
En la primera parte de este artículo detallamos muy sintéticamente las características primordiales de las redes bacterianas que permiten identificarlas como redes open-source. A continuación exploramos las posibilidades de modelación informática de estas redes, así como la inspiración que suponen para la ciencia de la vida artificial. Y finalmente, a la nueva luz del open-source, apuntamos nuestro interés real en las bacterias. Se situa ahora mismo en su aplicación al desarrollo de tejido activista en internet, y a un nivel más general, contribuir a la creación de un pensamiento bacteriano, iniciado a nuestro entender por Lynn Margulis.
Introducción
El origen de este artículo radica en una charla realizada en el Hackmeeting 2001, encuentros de software libre, hacking y hacktivismo que en ese año tuvieron lugar en Euskadi. Las siguientes líneas son un resumen del núcleo argumental de las ideas que presentamos, orientadas a ofrecer una nueva visión del open-source a la comunidad de software libre, una nueva perspectiva donde es posible pensar en diferentes tipologías de redes open-source, más allá de las redes de desarrollo de código fuente informático.
Redes de código abierto
Deberíamos dejar de pensar en las bacterias únicamente como seres patógenos causantes de enfermedad. Os invitamos a observarlas desde un nuevo punto de vista, como microorganismos poderosamente adaptados para formar redes de proceso masivamente paralelo -realmente masivo- y descentralizado. Entidades de red móviles, de código genético reducido, especializadas pero al mismo tiempo adaptables a cambios imprevistos, autoreproducibles a una velocidad frenética1 y tolerantes a fallos.
Margulis y otros2 nos hablan de las comunidades bacterianas como una red global de intercambio genético a escala planetaria que ha persistido durante miles de millones de años. Si traducimos las tesis de Margulis a términos informáticos y de redes, podemos caracterizar las comunidades bacterianas como redes de código abierto en clave genética, más allá de la pura analogía. De manera muy sintética, nos basamos en las siguientes premisas básicas:
1. El intercambio genético es descentralizado y horizontal.
2. La información genética pasa de una bacteria a otra con absoluta promiscuidad y a una velocidad de transferencia inaudita si la comparamos con organismos más complejos. Las bacterias están continuamente liberando, compartiendo su código genético.
3. Son capaces de hacer algo realmente sorprendente: se reprograman, se recompilan a sí mismas en base a los genes recibidos. No necesitan esperar a la siguiente generación para expresar sus genes. Ellas inventaron la ingeniería genética.
4. Hay, al igual que en la programación de GNU/Linux, cooperación sin mando3. Esta red de redes tiene una profunda tolerancia a fallos y la fuerza de una amplísima base de proceso distribuido y paralelo, sin controles de mando centralizados.
5. Las bacterias se intercambian información bajo algo casi tan bueno como una licencia GPL. Según Margulis, "todas las cepas bacterianas puede compartir sus genes, podríamos decir, en el más estricto sentido, que en el mundo bacteriano no se dan las especies verdaderas. Cualquier bacteria es un organismo, una entidad capaz de llevar la ingeniería genética a escala global o planetaria''2
Si aceptamos estas características primordiales de las redes bacterianas como propiedades suficientemente definitorias de una red de código abierto, estaríamos ante la primera red de código abierto de nuestro planeta.
En cuanto a los desarrollos destacables que han realizado estas redes bajo open-source, están las células de nuestro cuerpo, que tienen su origen en las bacterias2. Las biotecnologías que hacen posible que ahora mismo estemos respirando oxígeno, así como hacen posible la fotosíntesis, la fermentación, la fijación del nitrógeno y otros procesos fundamentales en la arquitectura general de los organismos vivos, son de origen bacteriano.
Bacterias y Vida Artificial
Aún estamos lejos de poder modelar informáticamente las redes bacterianas en toda su complejidad, pero las últimas aproximaciones en programación evolutiva4 y autómatas celulares nos abren las puertas a crear modelos informáticos que permitan esta transferencia de tecnología del mundo microcósmico de las bacterias. A nivel de GA(algoritmos genéticos), diversos operadores genéticos se han inspirado en los mecanismos de transferencia de información genética de las bacterias, por ejemplo en la conjugación o la transposición5. Los GA en paralelo han implementado el proceso real distribuido y en paralelo a nivel de GA6 así como el viaje de información entre distintas poblaciones de "organismos''7.
Los CA (autómatas celulares), cada vez más observados como máquinas virtuales de proceso masivamente paralelo, descentralizado y discreto, capaces de computación universal8 representan una vía interesante de comprensión del mundo celular y bacteriano9.
En segundo lugar, tenemos la reciente aproximación a los CA como paradigmas del mundo celular por parte de S.Capcarrere9. S.Capcarrere se pregunta sobre la computación en el mundo celular y en como conseguir autoreproducción no trivial a la que ya se refirió John Von Neumann. La respuesta podría estar en CA no uniformes, redundantes y de proceso asíncrono, teniendo en cuenta que los CA clásicos se basan en la idea de que todas las células de la rejilla se actualizan al mismo tiempo y siguiendo la misma regla, es decir son de proceso síncrono.
La simbiosis entre estos dos paradigmas, los autómatas celulares por un lado y la programación evolutiva por otro, ofrecen notables perspectivas de modelación del mundo bacteriano, porqué un paradigma tiene lo que quizás le falta al otro. Un ejemplo muy simple de combinación de estos paradigmas, es la utilización de algoritmos genéticos para la búsqueda de reglas de CA de clasificación de densidad. Es decir una regla, entre el espacio de reglas posibles, que permita de la manera más óptima posible saber si hay más células blancas o negras en la configuración inicial de un CA. Para una búsqueda en un espacio tan grande(p.ej. 2 elevado a la 128 reglas posibles) que mejor que la programación evolutiva.
Aun siendo optimistas, no olvidamos que cuando decimos modelación del mundo bacteriano somos conscientes del desconocimiento sobre como computan exactamente las redes bacterianas, y que hablamos aún de primeras fases de aproximación. En este sentido, debemos resaltar el trabajo de Ben-Jacob y Shapiro sobre estas redes. Ben-jacob plantea que tipo de computación deben realizar estas redes, que denomina redes genómicas creativas, que no solo reconstruyen continuamente su software sino también su hardware10. Por otra parte, no olvidemos tampoco que respecto a la simbiosis -la principal fuente de evolución según Margulis- estamos en las primeras fases de comprensión y aproximaciones de modelación.
Lo que si podemos decir con toda seguridad es que las redes bacterianas suponen una innovadora fuente de inspiración para la ciencia de la vida artificial, que puede dar lugar tanto a nuevos algoritmos, como sobre todo a nuevas perspectivas.
Civilización bacteriana
Nuestro interés en las redes bacterianas está ahora mismo en su aplicación al desarrollo de tejido activista en la red, y a un nivel más general, contribuir a la creación de un "pensamiento bacteriano", iniciado a nuestro entender por Margulis11. Las redes bacterianas son para nosotros una fuente de inspiración de pensamiento activista, como lo ha sido también el mundo de los virus, inspiración que nos ha brindado ya con excelentes frutos a nivel empírico12. Nos gustaría en las siguientes líneas plantar nuestra primera semilla, imaginándonos como podemos describir a estas comunidades de microorganismos y su evolución a lo largo de la historia de la vida en nuestro planeta, en términos de una civilización, la civilización bacteriana. Siendo cautelosos, debemos entender el siguiente análisis como una abstracción del mundo bacteriano, como un ejercicio de imaginación metafórico, intentando colocar nuestro punto de observación en el punto de vista de las bacterias y no de los humanos. A manera de ejercicio de deconstrucción de nuestra visión clásica de las bacterias y en la línea conceptual iniciada en "Resistencia al sistema: pensando como un virus"13.
*
Trabajo en equipo, operan en redes de acción radicalmente descentralizadas y de proceso masivamente en paralelo. Se contrapone al espíritu individualista del pensamiento vírico.
*
La importancia de lo colectivo. Los comportamientos que emergen a nivel colectivo son claves para entender el mundo bacteriano. No podemos entender a las bacterias analizándolas a nivel puramente individual, sino que debemos fijar especialmente nuestra atención en sus comportamientos grupales. En los comportamientos que emergen bottom-up, de la interacción y comunicación de proceso masivamente paralelo y distribuido, siguiendo reglas simples pero muy especiales, y que pueden ser explicados a través del concepto de fenómeno emergente14, que permite superar las posibles confusiones entre nivel individual y colectivo.
*
Profunda promiscuidad en el intercambio de información, es una cultura abierta donde las innovaciones fluyen rápidamente. Evoluciona fuertemente a través de la creatividad en el campo de las tecnologías a escala microcósmica, de la innovación que fluye rápidamente a través de su red de redes y se hace extensiva a un gran número de nodos.
*
Tejido de red altamente resistente y estable. Las bacterias forman redes altamente resistentes a perturbaciones externas. Un ejemplo claro de esta robustez interconectada son los biofilms15.
*
Basada en los principios de simbiosis y especialización, que como defiende Margulis, plantean un nuevo punto de vista de la evolución, más allá del principio clásico del darwinismo de la competencia excluyente y la supervivencia del más apto16.
*
Cultura constructiva, transformadora, fuertemente basada en el reciclaje. Si hay un verbo que caracteriza la acción bacteriana, este es "fermentar". Se contrapone a la dinámica parasitaria y de "no-construcción" más propia del pensamiento virico.
*
Autonomía individual. “Mediante un proceso que lejos de someter la autonomía individual de las bacterias a un bien colectivo permite un aumento ilimitado de la autonomía metabólica individual a través de la red.”17
Una vía interesante de investigación es sin duda los paralelismos entre esta civilización bacteriana de código abierto y un tercer tipo de redes open-source, las redes activistas en Internet como la red de medios independientes Indymedia.
Bibliografía
1 La replicación bacteriana es exponencial, siguiendo la fórmula 2 elevado a N, donde N=número de generaciones. Considerando que una nueva generación puede nacer cada veinte minutos, en pocas horas tenemos millones de bacterias.
2 Margulis, L. y D. Sagan. Microcosmos, Allen & Unwin, Londres, 1987. Para conocer la teoría seminal de Margulis sobre la evolución biológica, Margulis, L. et al., "Environmental Evolution: Effects of the Origin and Evolution of Life on Planet Earth“, MIT Press,1992.
3 Raymond E., "The Cathedral and the Bazaar'', Revisión 1.39, 1998. http://www.tuxedo.org/~esr/writings/cathedral-bazaar y Vidal, M., "Cooperación sin mando: una introducción al software libre'', 2000. http://www.sindominio.net/biblioweb/tel ... /softlibre
4 Entendiendo por "programación evolutiva'', algoritmos genéticos, programación genética e híbridos.
5 Borges A. y E. Costa, "Enhancing Transposition Perfomance'', 1999. http://eden.dei.uc.pt/~ernesto/EvoCo/pa ... ec99_1.pdf
6 Evonet, "Models for the Parallelization of Genetic Algorithms''
http://evonet.dcs.napier.ac.uk/evoweb/r ... index.html
7 Nos referimos a "organismos'' entendidos en el contexto de algoritmos genéticos.
8 Aclaración de términos: "Computación universal'': Equivalentes a una máquina de Turing universal. "Discreto'': Los CA constan de unidades de espacio y tiempo definidas, discretas.
9 Capcarrere, S., "Cellular Automata and Other Cellular systems: Design & Evolution", 2002. http://lslwww.epfl.ch/~msc/THESIS/thesis.html
10 Ben Jacob, E., Bacterial Wisdom, Gödel's Theorem and Creative Genomic Webs, Physica A, 248:57-76, 1998. http://star.tau.ac.il/~inon/wisdom1/preprint.html
11 Buena parte de las obras de Margulis tienen un carácter marcadamente divulgativo(ver nota 2) , y van más allá del campo de la microbiología, para hundir sus raíces en el terreno del pensamiento, perfilando toda una visión del mundo a través de la óptica de las bacterias.
12 El activismo vírico se caracteriza por criptografiarse a si mismo para no ser detectado por el sistema, por lo que no es demasiado recomendable que expliquemos las acciones de guerrilla de comunicación que hemos llevado a buen puerto, ya que las exponemos a la identificación por parte del sistema. Por suerte hay un par de acciones de protesta en contra de la LSSI(Ley de Servicios de la Sociedad de la Información) -una de ellas con ingredientes de activismo bacteriano- que si podemos detallar:
Ficha técnica de la acción ¿Dónde está la autoridad competente?
* URL: http://www.manje.net/juegolssi/s
* Tipología de acción: activismo vírico, juego en flash vía web
* Objetivo básico: contribuir a crear un clima de opinión en contra de la LSSI, llegando a los grandes medios.
* Programación: Actionscript y html. Remodelación y mejora de flash existente bajo licencia GPL.
* Equipo de desarrollo: Lluís Guiu, Arbeka y kl2.
* Tiempo: dos semanas.
* Tamaño del juego: primera carga de 52 kb. y segunda de 112 kb.
* Técnicas de camuflaje: utilización de juego como caballo de troya memético, lenguaje humorístico, anonimización de ip's, mutación de personalidad con la creación de "Pere Rocallaura", distribución del juego mediante mirrors(esto permitió también la distribución de carga).
* Estrategia de propagación memética: escalada bottom-up siguiendo esquema de los tres firewalls.
* Medios infectados: medios independientes y anti-LSSI, edición digital de grandes medios, Europapress, edición en papel de Ciberpaís.
* Velocidad de propagación: muy rápida, propia del activismo vírico.
Ficha técnica de la acción Colaboremos con la LSSI
* URL: http://www.manje.net/juegolssi2
* Tipología de acción: activismo mixto vírico/bacteriano, juego participativo vía web
* Objetivo básico: visualizar los peligros de la LSSI a través de la participación directa de los internautas
* Programación: html y javascript, y uso de cgis externos de hosting gratuito.
* Equipo de desarrollo: Lluís Guiu, Arbeka, kl2 y Mercè Molist.
* Tiempo: un mes
* Técnicas de camuflaje: lenguaje humorístico, uso de personalidad "Pere Rocallaura", distribución de la web mediante mirrors
* Estrategia de propagación memética: escalada bottom-up
* Medios infectados: respecto al primer juego, mayor penetración en medios independientes y escasa incidencia en grandes medios. Por otra parte, destacable la mención de "Colaboremos con la LSSI" en la sesión del senado español de 20-6-2002 donde se debatió la ley, en la que un senador invitó a la ministra del MCYT a participar en el juego.
* Medición de participación: un total de 230 contribuciones en primera fase.
13 Utilización del pensamiento vírico en clave activista, visión del mundo a través de la óptica vírica: Guiu L., "Resistencia al Sistema: pensando como un virus", 2000 y "Introducción al activismo vírico", 2003.
14 Para la identificación de un fenómeno emergente(f.e.) podemos utilizar los criterios de Collier y Mullier. Ver Collier, J. C. y Muller, S.J., The dynamical basis of emergence in natural hierarchies, 1998. Versión traducida al español en http://www.sindominio.net/~xabier/texto ... rgence.txt. En base a estos criterios, disponemos de modelos de vida artificial que permiten entender de forma diáfana(y interactiva) como se desarrolla un f.e., ya que lo reconstruyen y permiten variar las condiciones en que se desarrolla. Es el caso del paradigmático modelo de formación de bandadas virtuales de avoides de Craig Reynolds, que ha inspirado decenas de implementaciones: http://www.red3d.com/cwr/boids. Otro ejemplo de f.e. del que disponemos de modelos informáticos son los atascos de tráfico, que ilustran cómo de diferentes puede ser los comportamientos entre el nivel grupal -el atasco de tráfico- y el nivel individual, cada uno de los agentes que forman ese grupo -los vehículos-. Si uno observa este peculiar automáta celular on-line que simula el tráfico de vehículos(http://rcswww.urz.tu-dresden.de/ helbing/RoadApplet) podrá percibirse de que mientras los vehículos se mueven hacia delante, los atascos de tráfico que se producen, el fenomeno emergente resultante de observar esos mismos vehículos grupalmente como un bloque, ¡se mueven hacia atrás!.
15 Los biofilms son redes bacterianas muy resistentes que se forman por ejemplo en las cubiertas de los barcos o en las tuberías, a partir de una señal de comunicación llamado "el sentir del quorum". http://www.erc.montana.edu/Res-Lib99-SW/default.htm
16 La idea de "virus" es a nuestro entender, una de las bases del pensamiento neodarwinista de Richard Dawkins, que tanta influencia intelectual ha ejercido en el mundo científico y informático desde la publicación de El gen egoísta. El pensamiento "virus" se ha utilizado para justificar las tesis de la supervivencia del más apto y la competición excluyente como motores de la evolución biológica. De la misma forma, el estudio de las bacterias muestra con especial claridad la teoría de Margulis de la simbiosis (S.E.T.), la cooperación, la especialización, como motores de la evolución. Consideramos que el pensamiento bacteriano no invalida la otra cara de la moneda, esto es, el pensamiento vírico, sino que podemos contemplar a estos dos pensamientos aparentemente antágonicos, como dos mundologías, dos realidades virtuales a las cuales podemos acceder para obtener una visión diferente del mundo. O quizás mejor, no son mundologías. Si nuestro cerebro es una red creadora de mundo en tiempo real, podemos ver a estas realidades virtuales como software mental modificador/amplificador de nuestra recreación continua del mundo, tu mundo/mi mundo/nuestro mundo. Y por supuesto, nuestra realidad virtual preferida puede ser la bacteriana y esta premisa no nos impedirá en ciertos aspectos concretos contraponer pensamiento bacteriano a pensamiento vírico. Lo importante es reconocer la no exclusión mutua entre estos dos pensamientos.
17 Barandarian, X. y Guiu, L., “Metabolismo, comunicación y evolución en redes bacterianas y tecnológicas”, 2004.
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